Kırsal Yayla Mahallesi'ndeki Yayla Kilisesi 1994 yılında İzmir 2 No'lu Kültür Varlıklarını Koruma Kurulu tarafından tescil edilirken, Değirmendere Kilisesi de Muğla Kültür Varlıklarını Koruma Bölge Kurulu kararıyla 2011 yılında tescil edildi. Köklük ve Yayla mahalleleri arasında yol üzerinde vadiye bakan bir uçurum üzerinde yer alan Değirmendere Kilisesi define avcıları tarafından delik deşik edilirken, yapımına başlanan Yayla Barajı'nın hemen üst bölümünde kalması nedeniyle toprak kayması tehdidi ile de karşı karşıya kaldı. Yayla Mahallesi içinde Ortodoks kilisesi olan Yayla Kilisesi'nin ise kuzey cephesi tamamen yıkılırken, kilisenin içi de ağaç ve otlarla kaplı.
Araştırmacı yazar Tarcan Oğuz, mübadele öncesi Rumların yaşadığı Yayla köydeki kiliselerin koruma altında olmasına rağmen zaman zaman define avcıları tarafından tahrip edildiğini söyledi. Oğuz, “Burası Yatağan'a bağlı Yayla köy. Osmanlı döneminde çok önemli Rum yerleşim yerlerinden birisi. Burada arkamdaki şapel, yani küçük kilise bulunuyor. Aynı zamanda köy içinde de büyük bir kilise bulunuyor. Bu iki kilise de tescillidir. Ama maalesef bakımsızlık nedeniyle bu hale gelmişler. Zamanında Rumlar burada muhtarlık kazanmışlar. Mübadele döneminde aile buradan gittikten sonra Atina'da şirket kurmuşlar. Şirketin adı da muhtar. Zaman zaman bu ailenin çocukları, torunları buraya gelip ziyaret ediyor. Bu görülen dere üzerinde, Değirmenderesi üzerinde baraj yapılıyor. Burada daha önce dere üzerinde 7 tane Rum değirmeni bulunuyordu. Çok geniş bir alandı burası. Özellikle cumartesi günleri çok büyük Rum pazarı kuruluyordu. Mübadele sonrası burada kalan Rum yok. Sadece Rumların bıraktığı eserler bulunuyor. Mezarlar var ve aynı zamanda evler de var. Zaman zaman burada kaçak kazılar yapılıyor. Zaman zaman buraya gelip inceleme yapılmıştı ama maalesef şu an bakımsızlık nedeniyle kendi haline terk edilmiş durumda” dedi.

İHA