Çeşitli tartışmalara ve tepkilere neden olan Göcek Tüneli geçiş ücretlerinin yargıya taşınmasının ardından inceleme başlatıldı. 1999-2004 Muğla İl Genel Meclisi ve İl Daimi Encümen Üyesi Muharrem Özçakır, uygulamada varsa suçlular hakkında yasal işlem başlatılması, geçiş ücretlerinin makul seviyeye çekilmesi ya da Karayolları tarafından işletilmesi talebi ile Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı’na ve Yargıtay Başsavcılığı’na başvurdu. Başvurunun ardından Karayollara Genel Müdürlüğü ve Ortaca Cumhuriyet Savcılığı tarafından inceleme başlatıldı.

Yapımı tamamlanarak hizmete girmesinin ardından özellikle geçiş ücretleri konusunda büyük tartışma ve tepkilere neden olan Göcek Tünelindeki geçiş ücretleri hakkında inceleme başlatıldı. Yargıtay Başsavcılığının talimatı ile Ortaca Cumhuriyet Savcılığı tarafından ve Karayolları Genel Müdürlüğü tarafından inceleme başlatıldı.

1999-2004 dönemleri Muğla İl Genel Meclisi ve İl Daimi Encümen Üyesi Muharrem Özçakır, geçiş ücretleri uygulamasının araştırılmasını varsa uygulamada suçlular hakkında dava açılması, tünel ücretlerinin makul seviyeye çekilmesi ya da Karayolları tarafından işletilmesi talebi ile Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı ile Yargıtay Başsavcılığına başvuruda bulunulmuştu. Özçakır’ın dilekçesini değerlendiren Yargıtay Cumhuriyet Savcılığı ve Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı konu ile ilgili olarak inceleme başlatılması talimatı verdi.

Özçakır, Yargıtay ve Ankara Cumhuriyet Savcılığına verdiği dilekçede şu gerekçeleri ortaya koymuştu:

“1999-2004 yılları arasında İl Genel Meclisi üyesi idim. 2001 yılında İl Koordinasyon Kuruluna verdiğim bir sözlü önerge ile o güne kadar 40 yıldır yapılamayan, yılan hikayesine dönen Muğla Göcek Tünelinin o günkü Vali Lütfi Yiğenoğlu başkanlığında aldığı bir kararla Göcek Tünelinin bakanlıkça yapılması için İl Koordinasyon Kurul kararı alındı ve ilgili bakanlığa bildirildi.

2002 yılında ihalesi o günün koalisyon hükümetleri tarafından, bugünkü işletmeci Göcek Tüneli firmasına usulsüz ve yanlı olarak ve çok fahiş fiyatla ihale edilmişti. AK Parti hükümeti Göcek Tünelinin yap-işlet-devret sözleşmesini kucağında buldu.

Göcek Tüneli, Türkiye’nin hiçbir yerinde görülmeyen bir tarifeyle işletilmektedir. Şu anda 900 metre uzunluğunda olan Göcek Tünelinden bir taksi gidiş 4.5 TL, dönüş 4.5 TL olarak gidiş-geliş 9 TL ödemektedir.

Bu uygulama 28 Şubat kararlarının bir uygulaması olup, CMK’nın 332. Maddesi gereğince araştırılıp, varsa suçlular hakkında dava açılmasını ve Göcek Tüneli geçiş tarifesinin iptal edilerek ya devletin  yani Karayollarının işletmesini veya makul bir tarifeye indirilmesini arzederim.”